在奈良時代（７１０至７８４年高雄葬儀）到平安時代（７９４至１１９２年）初期，天皇陵由于佛教思想的影響，持統天皇在７０２年采用了火葬，有的天皇比如嵯峨天皇和淳和天皇在火葬後還把骨灰撒掉。在室町時代（１３３６至１５７３年）中期天皇實施火葬被確定下來，一直到江高雄骨灰罐戶時代，日本人的宗教觀是神佛習合，皇室進行神道祭祀，但是同時也是真言宗的檀越。位于京都東山區的泉湧寺就是皇室的菩提寺，寺院內有很多石塔形式的天皇陵墓。在院政時期（１０８６至１１８５年，天皇退位後作爲太上皇執政）的白河天皇，還采用了將骨灰供奉在佛堂內的方式。
在江戶時代末期，尊皇思想高漲，開始采用複古的方式。孝明天皇陵就建造了大規模的墳丘；明治天皇陵采用的是天智天皇陵（６２６－６７２年）的上圓下方樣式。以後，天皇一直用這種樣式。而且，根據中國的古制，皇後陵都建造在天皇陵的東側。爲此，皇後陵被稱爲“某某東陵”。
到了江戶時代（１６０３至１８６８年）初期，天皇又改爲實施火葬，源自一名叫奧八兵衛的商人奔走呼號。奧八兵衛是京都的一名魚商，經營一家名叫河內屋的魚店，以向皇室廚房提供魚類爲生。在後光明天皇時期，他聽說了火葬不仁的學說，深受感動。在１６５４年後光明天皇駕崩後，聽說皇室要根據傳統火葬，非常痛心，于是到處奔走，遊說太上皇、後宮和官吏，解釋火葬違背天皇的願望，流著淚勸說實施土葬。他的至誠之心感動了聽者，朝廷通過朝議，最終決定給後光明天皇實施土葬，此後，皇室長期停止了火葬，但是儀式上保留了一些火葬的儀式，一直到明治天皇的父親孝明天皇的葬禮時才廢止。明治１２年的１８７９年，奧八兵衛的後代奧八郎兵衛獲得了追加獎勵，並在明治４０年的１９０７年５月，被授予正五位勳。
進入明治維新後，明治政府建立了以天皇爲核心的國家體制，將神道作爲事實上的國教，采取了國家神道政策。爲此，皇室的祭祀、葬禮，將包括火葬在內的帶有佛教色彩的儀式全部清除，而且，爲了提高天皇權威，皇室葬儀中制定了非常複雜的儀式。
從大正天皇開始，天皇和皇後的陵都建在東京都八王子市的皇室禦用地之內，稱爲武藏陵墓地。另一方面，在明治天皇的皇子去世後，皇族的墓開始都建在東京都文京區大塚的護國寺後山，稱爲豐島岡墓地。戰後，根據日本憲法，天皇由統治者轉變爲國民統和的象征，但是祭祀和葬禮仍采用了原有的方式。目前，除了天皇和皇後外，其他皇族都實施火葬。
宮內廳管理的陵墓，北起山形縣，南到鹿兒島縣，覆蓋一都、二府和３０縣，包括曆代天皇陵１１２座，皇後陵等７６座，合計１８８座。皇族等的墓５５２座、准陵４２座，頭發、牙齒和指甲供養塔６８座。根據傳承，有可能是皇室陵墓的陵墓參考地還有４６座，合計８９６座。由于有的陵墓位于同一地點，所以共分散在４５８個地點。
在平安時代至室町時代，由于薄葬，很多天皇陵位置難以確定，有的陵墓所在的寺院荒廢，也無法確定位置，所以從曆史學和考古學角度來說，可信性很低。有的天皇陵比天皇在位時間建造的要早，有的古墳沒有被定爲天皇陵，但是有可能是天皇陵。
宮內廳堅持說，即使指定有誤，由于現在一直在進行祭祀，也視爲天皇陵，拒絕修改。不過同時也表示“如果沒有墓志銘等能夠確定被葬者的確實證據，就無法修改”，暗示根據狀況，如果發現了證據，也可以修改。
在明治時代之後，陵墓才像現在這樣修正並加強了管理。在中世紀，隨著皇室權力的衰落，一些陵墓無人管理，周圍的壕溝甚至作爲水塘使用，有的陵墓內還被建造了建築，有的陵墓範圍內進行了耕種。現在，陵墓還會有皇室和宮內廳舉行祭祀活動，研究人員等無法自由進入進行考古調查。宮內廳認爲，陵墓是皇室祭祀場所，需要保持安靜和尊嚴，所以嚴格限制學術調查，特別是原則上全面禁止發掘調查。調查需要宮內廳批准，但是獲得批准進行的調查屈指可數。現在，由于考古學界希望調查，近年來宮內廳批准過與地方政府進行的聯合調查，或者爲了修複允許部分研究人員入內調查。
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