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農用抗生素是由細菌、放線菌和真菌等微生物產生的、用於農業有害生物防治的次生代謝產物。 伊維菌素、甲維鹽、樂貝黴素和雙丙環蟲酯等半合成的農用抗生素衍生物也列入此類進行介紹。

農用抗生素是在醫用抗生素的基礎上研究開發而來的，鏈黴素、土黴素和氯黴素等相繼在農業上得以成功應用，但後續又由於其安全風險問題先後被禁用。

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其間，一些放線菌產生的農業專用抗生素相繼得到了開發，阿維菌素、甲維鹽、井岡黴素、春雷黴素和多抗黴素等已成為生物農藥的重要品種。 與化學合成類農藥相比，農用抗生素具有活性高、來源廣、可共用生產設備、對環境污染小且不易富集等特點。 在中國，農用抗生素的登記管理要求與化學農藥的相同。 按化學結構的差異，可將中國農用抗生素分為大環內酯類、糖苷類、肽和蛋白質類等類別，相關農藥品種
農用抗生素類殺蟲、殺鼠和殺線蟲劑以觸殺和胃毒作用為主，一般作用於靶標生物的神經系統。 其中，阿維菌素類和多殺菌素類殺蟲劑都作用於 γ-氨基丁酸和煙鹼乙醯膽鹼門控氯離子通道（但以其一為主），雙丙環蟲酯主要作用於弦振器官香草素受體亞家族通道，C型和D型肉毒梭菌毒素為蛋白質類殺鼠劑，通過作用於中樞和外周神經系統而阻礙神經末梢的乙醯膽鹼釋放而引起軟癱、麻痹和死亡。 華光黴素還干擾蟎蟲和真菌細胞壁幾丁質的合成。 農用抗生素類殺菌劑一般對孢子萌發和菌絲生長具有抑製作用。 嘧啶核苷類抗菌素、春雷黴素、武夷黴素、中生菌素、滅瘟素和鹽酸土黴素能影響病原菌的蛋白質合成，井岡黴素干擾和抑制菌體 細胞的正常生長和發育，多抗黴素干擾菌體細胞壁幾丁質的合成，寧南黴素破壞病毒粒體結構並誘導植物對病害的抗性和免疫力，嘧肽黴素通過抑制病毒核酸複製和外殼蛋白合成而致效。

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農用抗生素類除草劑還處於研發階段，主要品種有雙丙胺磷和丁羥咯酮。 其中，雙丙胺磷除草劑為滅生性前體除草劑，通過葉部吸收后在雜草體內降解為草丁膦和丙氨酸而使植物產生氨中毒、光合作用受到抑制，最終枯萎壞死;丁羥咯酮則通過與光位點結合而誘發葉綠體活性氧的爆發，直接引起雜草葉片快速壞死。