作案動機研判
綜合以上諸點研判，尹清楓遇害之原因有四：
軍事採購弊案引起。
軍火商集團利益所逼引起。
尹反蒐證錄音導致被錄對象恐慌引起。
其他突發事故。
列舉涉嫌人員實施覆訊
就本案之重點對象郭力恆、張可文（均現役軍人）；劉樞、鄭正光、祝本立（均軍火商）等人，依據通聯紀錄暨偵訊供述，清查該等案發前後行蹤之結果，敘述如下：
郭力恆部分主要疑點有五，其清查結果，分列如左：
郭力恆於十二月九日凌晨一時許，電話找遊艇公會任職的劉富仁，是否密商與本案有關之事？
清查結果：經約談關係人劉富仁供稱：郭力恆係電話查問檢舉軍購弊案黑函是否為楊清島所寫。經劉富仁告以楊清島已否認此事。
郭力恆與尹清楓於九日八時許，相約在來來豆漿店碰面之前，為何打出三通電話？又尹清楓失蹤後當（九）日晚廿二時又為何電話約張鎮瑞（高地鐵處主秘，退役少將）至內湖聖羅蘭咖啡廳見面？
清查結果：經五次約談張鎮瑞稱：郭力恆約他見面，係討論有關尹清楓失蹤之事，至於郭力恆在張鎮瑞家中所打出的三通電話內容則不詳。
郭力恆在尹清楓行蹤甫告失蹤之後，為何在來來豆漿店附近，連續打數通電話急欲找羅綱及汪傳浦（拉法葉艦代理商）？
清查結果：羅綱受約談堅稱並未接獲郭力恆電話，經查羅綱與張鎮瑞較熟，與郭力恆並無深交，而郭在案發後三日（十一日）曾與張鎮瑞至羅綱家中請求羅予以保護。另拉法葉艦代理商汪傳浦在郭力恆收押翌日（十二月廿日）偕妻赴美國，現居加州至今。
郭力恆在九日晨九時許二次電找郭璽（武獲室研究官），是否郭璽對本案知情？
清查結果：經約談郭璽稱九日下午六時許回電郭力恆，並訊何事？郭告知「找不到尹執行長，大家很擔心其安全。」經研判郭璽在本案中扮演傳話、跑腿角色，應為知情？有待其合作提供實情。
劉樞部分，疑點有六：
九日一時卅分尹至劉樞家進行反蒐證錄音，是否為其得知，為防止尹揭發軍購弊案而引起殺機？又其於案發當日上午為何未上班？
元月十一日提訊張可文稱：「因海測艦籌建案將十五億元底價降至十二、三億元，義大利得標廠商代理敦光公司內有人不高興。」又劉樞與鄭正光是否早對尹某懷恨在心，加上尹進行反蒐證而引起殺機？
十二月九日十六時許，劉樞、祝本立、鄭正光三人在圓山飯店相晤，是否密謀本案？又劉當時所穿著衣服式樣，為何與其妻楊錚供述過於雷同詳盡，有悖常情，有無串供之嫌？
十二月九日劉是否有電張可文轉告涂太太「不要逼人太甚」，蓄意製造不在場之證明？
為何劉要鄭正光至圓山飯店「補開」消費證明，是否有意製造不在場證明？案發當日晚劉某有否至其岳母家，參加壽宴或半途離席前往棄屍？
清查結果：經多次提訊劉樞，供稱：九日上午在家睡覺，又尹到他家時，並不知尹反蒐證錄音；且九日晚赴岳母之壽宴，亦有錄影為證。另求鄭正光「補開」消費證明，係檢察官傳訊後，為對九日行蹤有明確交代，始託鄭為之。元月十一日十時傳訊中其妻楊ｘ坦承：第一次傳訊中有關劉九日衣著樣式，係出於劉之授意。經查劉樞對其行蹤交代不清及對九日行蹤一再堅持己見，有待積極查察。
張可文部分，疑點如下：
十二月八日廿一時卅分尹某電約張可文至內湖高工，談論尹某被黑函攻擊事件，是否張可文事後得知尹反蒐證錄音，恐遭尹連累而引起殺機？
清查結果：經多次提訊張可文，供稱：不知被尹反蒐證錄音，案發後在臺北憲兵隊接受調查時，始被告知。又堅稱：九日上午確有上班。經查張可文九日行蹤屬實，涉案程度降低。
鄭正光部分，疑點如下：
元月十日約談郭璽，供稱：十一月廿三日廿時至涂太太投宿之亞都飯店，曾聽涂女掌握鄭正光與尹對話的錄音帶，是否鄭正光因海測艦投標底價過底，而懷恨尹，進而教唆劉樞，對其有不利之行動？
清查結果：經多次約談鄭正光，警訊中鄭稱：劉樞要求他到圓山飯店「補開」消費證明，以為日後憑證，非其個人意思。研判鄭供詞尚有保留，仍繼續查察。
祝本立部分，疑點如下：
十二月九日凌晨，尹至祝本立家進行反蒐證錄音，又祝本立與敦光公司鄭正光、劉樞關係良好，是否恐尹揭發弊案，對其有所不利，而聯手將尹殺害棄屍？
清查結果：經多次約談祝本立，據供行蹤除在自宅電話劉樞之通話紀錄迄仍查無外，餘與清查事實相符，涉案程度降低。但是否有教唆他人為之，及其現仍一再否認尹清楓對其反蒐證錄音帶內之聲，非其口音，均有待查證。
線報偵查
本案經新聞媒體披露報導後，國防部雖提供鉅額獎金請民眾檢舉，然某男子因赴三溫暖消費無錢付帳故謊報涉案，被害人尹清楓弟弟尹清嵐提供假尹員附身錄音帶等狀況外，均無相關案發時地－內湖來來豆漿店目擊證人提供檢舉線索，異於常情，更使偵辦進度受限。
科學鑑驗
專案組多次勘查發現尹清楓屍體之宜蘭縣蘇澳鎮東澳沿岸，並了解案發當日水波、風向、潮汐、溫度等情形，另藉動物屍體（豬隻）之拋置與漂浮，研判可能棄屍地點；證悉應為烏巖角南方粉鳥林海岸，因該地點需經由台九線道路轉進小路，路旁雜草叢生，平日鮮有人前往，僅釣客或當地居民知悉該小徑。另專案小組以豬隻屍體測試，亦得到相同之答案（漂浮至尹屍浮屍處附近）。
除商請法醫楊日松博士至專案組報告解剖屍體所見各項疑點及推斷尹清楓落水、死亡時間，以利案情研判及偵辦。另由楊法醫及刑事警察局鑑識科人員複驗屍體，採集毛髮、心臟血液等，以便ＤＮＡ比對與採集其鼻腔、耳室及屍體附著砂粒，以研判可能棄屍地點。
由刑事警察局鑑識科科長翁景惠連同憲司令部刑技中心鑑識人員等，就所扣涉案相關人員（郭力恆、劉樞）之車輛採證，以資比對檢體。
偵查作為
一、現場處理：
封鎖現場：
本案初被認定為自殺，在現場跡證之保存上做得不夠完善，嚴重影響偵查。經法醫楊日松博士會同有關單位剖驗鑑定為他殺，已逾案發九日，相關涉案人員均有串供情事與心理防備，相關證據或已遭湮滅，喪失偵查先機。
第一現場及棄屍地點無法完全確定，涉案之相關物件，車輛經勘驗後，亦乏直接跡證。
綜合以上觀之，由於現場處理未臻完善，已增加了辦案困擾，妨害偵查進度。
調查訪問
偵查中就案情持續發展，依涉案程度陸續約談、偵訊郭力恆等現職人員十二人、民眾劉樞等十七人共廿九人，以查證彼等之關連性及涉案程度，隨即依法申請搜索票密集展開搜索工作，以獲取相關物證。
調析臺北市內湖、中山、南港、汐止等相關地區於案發前後公用電話通聯紀錄一、一三八筆，並接編號碼以電腦排序索引，供偵查比對使用。
擴大調析本案相關對象十人通聯紀錄，推前至十二月一日起，以清查其等行蹤及橫向交往情形。
實地查訪案發前一個月與各關係人連絡最頻仍之親友二四四人。綿密清查內湖地區「來來豆漿店」附近百餘商家及訪談對象三、九八三人，調查轄內海官住戶四十五人。
調析本案關鍵人物涂太太投宿亞都飯店之通聯紀錄，期能從中發掘線索。
清查十二月九日當天海總武獲室、兵器處、後勤署等單位官兵，於八時卅分外出差假等勤惰情形。經查當日計有卅四人差假，過濾篩檢後仍有廿四人未在勤，並無重大發現。
近年來海總承辦採購業務已屆齡退伍而不願再繼續留營（有否逼退或不滿等情）之對象。經查計有十一人，亦無新增線索。
本案關係人（現役或退伍）軍中安全資料與兵籍袋，以明瞭渠等服役期間行止考核情形。
清查海軍「龍晴計畫」（執行地近「烏巖角」與「內埤」）之相關作業人員，期能發掘與本案相關之資訊。
清查十二月九日投宿礁溪、羅東、宜蘭、「內埤」海岸附近汽車旅館、旅社、出入車輛及投宿人員名單，未發現可疑情事。
清查十二月九日晚十八時至十日晨，宜蘭縣、基隆市警察局所轄濱海公路及臺北縣、宜蘭縣警察局所轄北宜公路，沿線超速違規紀錄。
調閱十二月九日八至十時，於內湖「來來豆漿店」周遭超商、銀行、提款機等之監錄錄影帶，以發掘、查證相關關係人行蹤。
八十三年二月九日（農曆除夕）由宜蘭縣地檢署檢察官柯士斌率同幹員赴新加坡訪談「涂太太」，得知本案亦疑與郭力恆承辦拉法葉艦採購弊案有關，且尹有意藉涂女將弊案資料提供立委揭發弊案，逼使與Ｓ廠勾結之海軍人員放棄阻撓發邀請函予Ｌ廠之動作，致遭利害攸關人員設計誘騙外出滅口，唯上情清查，亦無重大發現。
八十三年六月十八日，專案組由刑事警察局副局長楊子敬率隊赴歐洲欲訪談關係人涂太太及查證購案相關事宜，亦無重大發現。
參考資料
http://forums.chinatimes.com.tw/special/oldman/main.html
