1717年巴赫移居科登，就任安哈特-科登侯國的宮廷樂長。當時的安哈特-科登侯國在安哈特-科登侯利奧波德的統制下，巴赫的年薪高達400塔勒，是前任樂長的兩倍。巴赫在科登待到1723年，而這段科登時期，咸被認為是他漫長的宮廷生活中，度過最愜意日子的時期。
在這無憂無慮的環境中，他譜作了許多世俗音樂的名曲。這是由於安哈特-科登侯國信奉加爾文教派，禮拜儀式中僅使用簡單的聖詠，因此巴赫就不需要創作教會音樂。不過，即使在這種環境下，每年在利奧波德的生日12月10日與元旦1月1日兩天，還是要演奏教會清唱劇。
巴赫的僱主利奧波德侯爵是一位少巴赫9歲的年輕公侯，對音樂的素養很高，有美麗的男中音歌喉，也善於演奏小提琴與古提琴、古鋼琴。異於當時許多領主，他不把宮中的音樂家視為佣人，對巴赫的才能與見識表示敬意，厚待巴赫。因而巴赫不單所獲得的待遇是家臣中第二高，科登侯利奧波德與他的關係還不是君主與家臣的關係，而接近對等的朋友。巴赫離開科登後，這種關係好像繼續下去。
巴赫自從32歲到38歲在科登宮中，這時期正是他創作力最旺的時候，就為這位年輕的君主寫他所喜歡的管弦樂曲與協奏曲、室內樂曲、獨奏曲等一首首傑作，其數目應當很多，但相當多的作品似乎是散失了。
從現在所留下的「管絃樂組曲」「布蘭登堡協奏曲」「無伴奏大提琴組曲」「無伴奏小提琴奏鳴曲」「平均律古鋼琴曲集第1集」等作品推測，可知當時巴赫的創作密度之高。
「布蘭登堡協奏曲」(Brandenburgische Konzerte)自第1號到第6號(BWV1046~1051)，共有6首。巴赫大概是在以前所寫的協奏曲當中，挑出比較喜歡的6首予以加筆修改，集成協奏曲集。
這協奏曲集呈獻給當時的布蘭登堡侯爵克里斯蒂安·路德維希(所以被命名為「布蘭登堡協奏曲」)，其手稿現存於伯林國立圖書館。「布蘭登堡協奏曲」這名稱是寫「巴赫傳」的舒必達（Philipp Spitta）所定，在手稿的名稱只以法語寫「有數件樂器的六首協奏曲」(Six Concerts Avec plusieurs Instruments)。手稿上還以法語寫很謙虛的獻辭(可能委請別人代寫)，説兩年前在布蘭登堡侯爵路德維希御前演奏時，侯爵令巴赫為他寫作品，因此就呈獻這協奏曲集。至於什麼時候在布蘭登堡侯爵御前演奏，則只能從獻辭的日期推測可能在1719年。不過受呈獻的·路德維希侯爵在1734年去世前都沒有聽過這些作品。
也有些人認為巴赫寫這些協奏曲是為了求職。如上所述，巴赫當時在利奧波德侯爵下面做事，利奧波德侯爵非常喜歡音樂，因此宮中也有很好的樂團，巴赫本來想一直在科登宮中服務，沒想到成為侯妃的女性不喜歡音樂，以致利奧波德侯爵對音樂的熱忱降低，宮廷樂團也縮小。在這種情形下，巴赫可能判斷應另某出路。已知呈獻此曲集時他在謀職，事實上在1723年他已轉任萊比錫的聖多馬教堂的唱詩班指揮。
其作曲過程不很清楚。只是從各曲的配器與樣式推知，他從以前長久期間創作的協奏曲作品中，挑出6首，依配器的規模大小排下來。作曲次序是，第6號—第3號—第1號—第2號—第4號—第5號，第3號與第6號可能早在威瑪時期就創作。至於第1號以後的作品，則從其配器、要求較高的演奏技術等來看，應該是就任科登宮廷樂長後的作品。因為其配器依科登宮廷樂團的規模，作品內容也配合宮廷樂團團員的演奏水準。
唯獨可能是最後譜作的第5號協奏曲，有較多的作曲過程情況事跡。1719年，依科登宮廷的記錄曾付給巴赫一筆大金額款項，依其明細，似乎是巴赫到柏林購買古鋼琴。很可能巴赫看到新的古鋼琴，就譜作一首協奏曲。比較早已完成的BWV1050a初稿與呈獻稿，則有名的第1樂章古鋼琴獨奏部分的長度，後者比較前者約有3倍之長(19小節變成65小節)，可以想像是為了展現新購的古鋼琴琴聲而有此改變。古鋼琴通常是擔任持續低音的演奏，將之加入獨奏樂器群中，在當時是很嶄新的做法，而在第5號裡古鋼琴甚為活躍，實質上成為音樂史上第1首古鋼琴協奏曲，並為後代鋼琴協奏曲之出現鋪設道路。
聽這些協奏曲，頭腦中會浮現在繪畫或電影中所看到的巴羅克時代歐洲宮廷華麗情景。一般都認為6曲中特別傑出的是第3號與第5號，尤其第5號受較多的人喜愛。巴赫在科登演奏過這些協奏曲，第5號在科登首演時，巴赫自己演奏古鋼琴，其卓越的技巧與雄厚的表現，一定得到主人利奧波德的讚賞。
這套「布蘭登堡協奏曲」採用韋瓦第的大協奏曲形式，但他只借用其形式而已，其內容並沒有模仿韋瓦第，這只要比較韋瓦第的協奏曲與巴赫的這套協奏曲就知道。
這套協奏曲的特徵，是6首作品在配器上各有各的個性，富於變化。這些協奏曲是大協奏曲，因此沒有我們聽慣的一件獨奏樂器與大樂團的協奏，而是一羣數量較少的獨奏樂器(稱為獨奏群，concertino )，和一羣樂器數量較多的樂隊（稱為總奏，ripieno ）協奏。各曲的內容，在維基百科有詳細說明，請讀者參閱維基百科「布蘭登堡協奏曲」條，本文只做簡單說明。
第1號 F大調 BWV1046
獨奏群：圓號2，雙簧管3，低音管，短小提琴(現以小提琴替代)。
總奏：小提琴2，中提琴，大提琴，持續低音(低音維奧爾琴與大鍵琴)。
第1樂章：F大調，2/2拍子。
第2樂章：d小調，慢板，3/4拍子。
第3樂章：F大調，快板，6/8拍子。
第4樂章：小步舞曲，F大調，3/4拍子。
圓號很醒目，有牧歌似的聲響。
(Freiburger Barockorchester) https://youtu.be/BOZEj8wyj-I
第2號 F大調 BWV1047
獨奏群：小號，直笛，雙簧管，小提琴。
總奏：小提琴2，中提琴，低音維奧爾琴，持續低音(大提琴與大鍵琴)。
第1樂章：F大調，2/2拍子。獨奏樂器各有獨奏機會。
第2樂章：d小調，行板，3/4拍子。小提琴，雙簧管，直笛奏出卡農風格的旋律，小號完全休息。
第3樂章：很快板，2/4拍子。獨奏樂器以復格風格發展主題。
獨奏群與弦樂總奏的對比很有趣。
(Freiburger Barockorchester) https://youtu.be/3HSRIDtwsfM
第3號 G大調 BWV1048
沒有區分獨奏群與總奏。小提琴3，中提琴3，大提琴3，持續低音(低音維奧爾琴與大鍵琴)。
第1樂章：G大調，4/4拍子。很有節奏感的音樂。
第2樂章：e小調，慢板，4/4拍子。樂譜上只寫終止的兩個和弦，一般由大鍵琴或第1小提琴演奏裝飾奏，或只奏終止的兩個和弦。
第3樂章：G大調，快板，12/8拍子。
(Freiburger Barockorchester) https://youtu.be/QLj_gMBqHX8
第4號 G大調 BWV1049
獨奏群：小提琴，直笛2。
總奏：小提琴2，中提琴，大提琴，低音維奧爾琴，持續低音(大鍵琴)。
第1樂章：G大調，快板，3/8拍子。牧歌似的樂曲，獨奏小提琴與兩隻直笛添加美麗的聲響。
第2樂章：e小調，行板，3/4拍子。兩隻直笛的半音階進行與韓德爾似的旋律會給人印象。經終止句形而接到第3樂章。
第3樂章：G大調，急板，2/2拍子。獨奏樂器與持續低音形成4聲部復格。到處放進各樂器很具魅力的獨奏與齊奏。
小提琴與兩隻直笛的糾纏很有趣。
(Freiburger Barockorchester) https://youtu.be/G6hQvvhqfJo
第5號 D大調 BWV1050
獨奏群：長笛，小提琴，大鍵琴。
總奏：小提琴，中提琴，大提琴，低音維奧爾琴。
第1樂章：D大調，快板，2/2拍子。大鍵琴支撐長笛與小提琴，但到半途會進入成為大鍵琴協奏曲前身的長大的裝飾奏。
第2樂章：b小調，富於情感的( Affettuoso)，4/4拍子。只由獨奏群演奏。
第3樂章：D大調，快板，2/4拍子。音樂以復格風格發展。
(Freiburger Barockorchester) https://youtu.be/_V7oujd9djk
第6號 降B大調，BWV1051
沒有區分獨奏群與總奏，是沒有小提琴的很特別的弦樂合奏曲。臂上提琴(viola da braccio)2，古提琴(viola da gamba)2，大提琴，持續低音(低音維奧爾琴與大鍵琴)。
第1樂章：降B大調，2/2拍子。兩把臂上提琴奏出前後差半拍的卡農旋律。
第2樂章：降E大調，3/2拍子。調號使用降B大調。古提琴完全休息。這曲集當中，唯一使用大調的徐緩樂章，也是一首很具魅力的如歌樂章。
第3樂章：降B大調，12/8拍子。輕快的樂曲，切分音的使用為其特徵。
(Freiburger Barockorchester) https://youtu.be/CexJQ8VWJfY
(Münchener Bach- Orchester，Karl Richter) https://youtu.be/GIKsn-ynChQ 全曲
(Claudio Abbado指揮Orchestra Mozart) https://youtu.be/hbQORqkStpk 全曲
