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『JIN-仁-完結編』是改編自村上紀香的漫畫作品，第一部在2009年10月11日～12月20日播映完畢，完結篇在2011年4月17日～6月26日每週日晚間9：00～9：54分播出，由大澤隆夫、內野聖陽、中谷美紀、綾瀨遙主演，平均收視率20.6％。
第一部描述東都醫院的腦科醫師南方仁（大澤隆夫飾演）在某天夜裡替急診的病人摘除腦瘤，那位謎樣的病人竟然想帶著急救包與腦瘤離開醫院，想阻止病人的他從階梯上摔下去，這一摔竟然摔到了幕末。

他在江戶認識了橘咲（綾瀨遙飾演），一心支持他與他學習醫術的女子，也認識了坂本龍馬（內野聖陽飾演），在那裡也遇到了和未婚妻相貌相同的煙花女子野風（中谷美紀）。南方仁在江戶憑藉自己的醫術，治癒了許多當時被認為是絕症的疾病，也遏止了傳染病的大流行。他打破歷史的洪流，在19世紀的日本開始製造抗生素（抗生素應該到1928年才被發現），並且製作許多現在所使用的醫療器材，他希望藉著撥快醫療技術的時針，希望能救活在現代昏迷的未婚妻。
雖然他提升了日本幕末的醫療技術，但是許多在歷史上原本該死亡卻被他救活的人，也影響到了存在於現代的人。他醫治好了野風的乳癌，致使他的未婚妻無法出生於現代，他為此一直耿耿於懷，但又無法去改變既定的事實，也找不到回到現代的方法，於是也只好就這樣一直住了下來。
完結篇的開頭是在南方仁到達江戶的兩年之後，南方仁對於未婚妻的消失也逐漸能夠釋懷。可是緊逼而來的是好友坂本龍馬即將被暗殺的事實，他始終想不起來龍馬到底何時會被暗殺。同時，坂本隆馬已經在到處奔走，並且擬定「船中九策」（歷史上是「船中八策」，多一策是龍馬為南方仁所草擬的，便是希望日本的醫療費用都能由政府負擔），也周旋在各藩之中，密商「大政奉還」的事情。

南方仁終於想起龍馬是在生日當天被暗殺的，於是從江戶啟程前往京都營救，他不斷催促龍馬離開京都。原以為只要龍馬躲過歷史上記載被殺的當天就會平安度過，但該來的終究會來，龍馬依舊在暗殺中受到重傷，南方仁替龍馬緊急手術，幾天後龍馬還是回天乏術。
南方仁與眾人回到江戶，當時他的腦瘤病情已經相當嚴重，但他想效法龍馬的精神，即使不久於人世還是要把自己所知的一切傳授給當時的醫師。後來江戶爆發一連串的內戰，南方仁帶領眾醫師成立臨時的救護中心，在這個時候橘咲為了讓哥哥恭太郎回頭而受到槍傷。原本使用抗生素就能痊癒的傷口，卻因感染而愈發嚴重，南方仁想要救活橘咲卻在緊要關頭又跌回了現代。
回到現代的自己想要找尋自己曾幫自己開刀的證據，卻也被歷史的修正力給完全修正。想找尋自己曾在幕末江戶的遺跡，卻也被歷史的修正力給抹得一乾二淨。日本歷史上曾出現的抗生素、仁友堂都和他一點關係也沒有，不過他最在意的橘咲卻怎麼也找不到她的蹤影。最後他決定尋找橘咲家在現代的遺跡，果然就讓他找到「橘醫院」的招牌，提起勇氣訪問竟然遇到和野風長相相同的年輕女子，女子告訴他關於橘家的歷史，也給了他一封來自150年前的情書。南方仁醫師的穿越時空之旅，也到此結束。